Cố đô Hoa Lư là một điểm du lịch được quản lý bởi Ban quản lý quần thể di sản thế giới Tràng An mà trực tiếp điều hành là Trung tâm bảo tồn di tích cố đô Hoa Lư. Bến xe của khu di tích nằm cách thành phố Ninh Bình 11 km. Hành trình tham quan thông thường của du khách gồm 3 chặng như sau:

• Khu trung tâm di tích: từ bến xe trung tâm khu di tích gần quảng trường trung tâm lễ hội, du khách thăm các di tích theo trình tự: Cửa Đông - Đền Vua Đinh Tiên Hoàng - Đền Vua Lê Đại Hành - Nhà bia Vua Lý Thái Tổ - Đình Yên Thành và chùa Nhất Trụ - đền thờ công chúa Phất Kim - Phủ Vườn Thiên - Lăng vua Đinh, lăng vua Lê.
• Khu núi chùa Bái Đính: nằm cách khu trung tâm trên 5 km trên khuôn viên rộng lớn với hai khu chùa cổ và khu chùa mới. Các di tích chùa cổ gồm: đền thờ thánh Nguyễn, đền thờ thần Cao Sơn, động Sáng, động Tối. Các di tích chùa mới gồm cổng Tam Quan, tháp chuông, Bảo Tháp, điện Quan Âm, điện Pháp Chủ, điện Tam Thế và khu trung tâm Phật giáo.
• Khu sinh thái Tràng An: là hành trình du lịch bằng thuyền theo vòng khép kín, nhanh nhất khoảng 2 giờ. Với cảnh quan tự nhiên của sông suối, rừng cây, hang động và các di tích lịch sử văn hóa: đền Trình thờ hai vị giám quan, phủ Khống thờ 7 vị quan trung thần, đền Trần thờ thần Quý Minh trấn giữ thành Nam.

Ngoài ra với thời gian dài hơn và các nghiên cứu chuyên đề, du khách còn thăm viếng và tìm hiểu tất cả các di tích khác nằm rải rác trong khu di tích và các di tích gắn với quê hương nhà Đinh như động Thiên Tôn, động Hoa Lư và đền thờ Đinh Bộ Lĩnh.